يعد دور مركز دراسات القدس - جامعة القدس في خلق جيل من الشباب القادر على البحث والتحليل لواقع مدينة القدس المعقد الناجم عن الظروف السياسيّة وانعكاستها القانونيّة والاقتصاديّة والاجتماعيّة على المدينة وأهلها دوراً مهما، ويطبق ذلك من خلال  دراسات وبحوث متخصصة لهذا الواقع المعقد ونشر هذه الأبحاث العلميّة.

  ويقدم المركز برنامجًا شاملاً ومتكاملاً عن مدينة القدس ومحيطها القريب، ويمنح الطلبة الملتحقين به درجة الماجستير في "الدراسات المقدسيّة"، وهو برنامج متعدد التخصصات في مجالات مختلفة عن مدينة القدس، مثل التاريخ والقانون، الدراسات الحضرية وعلم الآثار، والعلوم السياسية والاجتماعية.

ويرى المركز أنّ عملية التكامل بين التخصصات المختلفة والمجالات المتعددة يفتح آفاق جديدة أمام الطلبة الملتحقين في هذا البرنامج،كما يعزز هذا التوجه دور المركز في خدمة المجتمع المقدسي وحل مشاكله المعقدة، حيث تعاني التخصصات المنفردة والمستقلة في مدينة القدس من نقص في المعرفة الكاملة عن المدينة وخصوصيتها، كما أصبح من الصعب توفير الأدوات البحثية التحليلية اللازمة لفهم الظواهر المتداخلة في بعضها البعض كالظواهر السياسية والاقتصادية والاجتماعية والدينية وغيرها، لذا تعد الاستراتيجية التعليمية التي يتبناها مركز دراسات القدس باباً لأفق ابتكار أساليب بحثية جديدة في المدينة.

ويقدم برنامج ماجستير " دراسات مقدسية"  في مركز دراسات القدس نخبة من الباحثين والأكاديميين الفلسطينييّن المتخصصين في شؤون القدس.

 ويعد مركز دراسات القدس أحد المواقع المميزة من ناحية الموقع في داخل أسوار البلدة القديمة في مدينة القدس، حيث تُعقد المحاضرات والندوات في مقر المركز في قلب القدس العتيقة، ليعيش الطلاب أجواء أكاديمية تمكنهم من فهم مشاكل المدينة بشكل مباشر وتربطهم بأرض الواقع.

كما ويتميز هذا البرنامج بمرونة أوقاته، فتعقد المحاضرات في ساعات ما بعد الظهر من الساعة الثالثة حتى الخامسة والنصف مساء، وعند انتهاء الطالب من ساعاته الدراسية المطلوبة، يقوم المركز بتعيين أحد من الباحثين المختصين من الطاقم التدرسي كمشرف على رسالة الماجستير بما يتناسب مع وقت الطالب ومشرفه.